Сюжет
В начале игры загадочный G-Man ментально будит Гордона и довольно туманно намекает на вновь предстоящие «великие дела». Несколько секунд спустя Гордон оказывается в поезде, прибывающем в Сити 17, безоружный и без своего защитного энергокостюма, который служил ему верным помощником и неоднократно спасал жизнь в первой части игры (причём ранее G-Man говорил, что Фримен может оставить костюм себе). Вскоре обстановка начинает проясняться: Сити 17 находится под властью тоталитарного правительства, во главе которого находится администратор, по фамилии Брин, как выясняется позже, бывший руководитель научно-исследовательского центра. Но Брин, в свою очередь, сам пешка в руках лидеров могущественного всегалактического союза — Альянса. Портальные штормы, начавшиеся после смерти Нихиланта по всей Земле, привлекли внимание Совета Альянса, и вскоре их войска атаковали Землю, начав войну, прозванную «Семичасовой», так как после семи часов войны Брин заставил оставшиеся силы людей сложить оружие, чем и заслужил покровительство Совета и стал полномочным председателем правительства на Земле. Теперь войска Альянса практически полностью контролируют всю планету, кроме лишь нескольких небольших очагов сопротивления. Благодаря высоким технологиям человечество делает резкий скачок в развитии. Гордон, прибывший в город, видит повсеместную их интеграцию. Часть зданий модифицирована укреплениями из чёрного металла. Местность патрулируют мобильные роботы-сканеры, следящие за обстановкой в городе. В городах работает организация «Гражданской обороны» — специально обученных боевым навыкам людей, поступивших во внутреннюю полицию Альянса и лишившихся таким образом части клеток мозга, заменённого на микрочипы. Но самым страшным средством убеждения правительства, наравне с пропагандой, промывкой мозгов и раскинутыми над городами полями подавления цикла размножения, были синтетные роботы — биомашины, уничтожающие все на своём пути.

Главы
Как и первая часть, Half-Life 2 разделена на главы:

Глава 1: Прибытие (англ. Point Insertion, в другом переводе Место прибытия или Точка внедрения) — Гордон Фримен прибывает в Сити 17 на пассажирском поезде. Гражданин, ехавший с ним, говорит, что не заметил, как Гордон садился в поезд. На вокзале сотрудники Гражданской обороны не опознают Гордона и заставляют его пройти в комнату для допросов. Офицер, который должен был допрашивать Фримена, неожиданно снимает маску, и Гордон узнаёт в нём старого друга Барни Калхуна, бывшего сотрудника охраны «Чёрной Мезы». Барни внедрился в ряды ГО, под прикрытием работая на Сопротивление. Барни помогает Гордону пройти через контроль на въезде в город и отправляет его в подпольную лабораторию доктора Кляйнера, бывшего учёного, ныне участника Сопротивления, помогающего повстанцам и скрывающегося в городе. Продвигаясь по городу, Гордон наблюдает сцену массовых арестов в жилом доме, два человека на улице замечают: «Вот так всегда… сначала здание, затем и весь квартал». Полицейские преследуют Гордона, в конце концов, настигая его, оглушают его парализующими электродубинками и почти берут в плен, но его спасает Аликс Вэнс — дочь бывшего коллеги Фримена, Илая Вэнса. Аликс проводит его в лабораторию, искусно скрытую в подсобных помещениях рядом с городской подстанцией.

Красный День Календаря
Глава 2: Красный День Календаря (англ. A Red Letter Day, в другом переводе Великий день) — В лаборатории Гордон надевает новый, усовершенствованный энергокостюм пятой модели. Кляйнер решает, что Гордона лучше отправить в «Восточную Чёрную Мезу», секретную базу повстанцев, расположенную далеко за чертой города на территории старой ГЭС, с помощью сконструированного им телепорта. Но из-за повреждения телепорта ручным питомцем Кляйнера — хедкрабом по кличке Ламарр, процесс телепортации проходит неудачно, и Фримену приходится выбираться из города пешком.
Через каналы
Глава 3: Через каналы (англ. Route Canal) — Пробираясь через городские каналы, преследуемый солдатами Альянса Гордон находит базы Сопротивления, населённые преступниками, беженцами, повстанцами и вортигонтами, разумными пришельцами из Зена, ставшими после Семичасовой войны союзниками Сопротивления. Выбравшись на окраину города Фримен находит лагерь повстанцев, где ему дают аэроглиссер (англ. Airboat), что позволяет ему пересечь радиоактивные каналы.
Опасная вода
Глава 4: Опасная вода (англ. Water Hazard, в другом переводе Радиоактивные воды) — аэроглиссер Гордона замечают патрули Альянса и посылают в погоню несколько боевых вертолётов. Когда Фримен прибывает на промежуточную базу Сопротивления, вортигонт-механик монтирует на катер Гордона импульсный пулемёт, благодаря которому Фримен избавляется от вертолётов, теряется из вида спецслужб Альянса и благополучно добирается до базы.
Восточная Чёрная Меза
Глава 5: Восточная Чёрная Меза (англ. Black Mesa East) — Гордон прибывает на базу. Его встречает помощница Илая — Джудит Моссман. Она провожает Гордона вниз к Илаю. Затем Аликс вручает ему гравитационное устройство и показывает, как им пользоваться. Гордон играет разряженной военной шаровой электроминой с роботом Аликс — Псом, оснащённым аналогичным манипулятором. Внезапно база подвергается массированной атаке сил Альянса, и Гордону с Аликс приходится вернуться внутрь. Обвалившийся в результате ракетной атаки вертолёта потолок отрезает Гордону путь назад, и ему приходится уходить через подземный туннель, ведущий в заброшенный шахтёрский городок Рэвенхольм. Илая Вэнса арестовывают и отправляют в тюрьму строгого режима Нова Проспект.
«Мы не ходим в Ревенхолм…»
Глава 6: «Мы не ходим в Ревенхолм…» (англ. «We Don’t Go To Ravenholm…», в другом переводе Не идите через Рэвенхольм… или «В Ревенхольм не ходят») — Гордон вскоре понимает, почему этот город заброшен: он заполнен паразитами-хедкрабами и зомбированными ими людьми. Отец Григорий (полусумасшедший священник и, кажется, единственный незомбированный человек, живущий в Рэвенхольме) помогает ему выжить в жутком городе и приводит его к заброшенной шахте, ведущей в доки на побережье около Сити 17. По истории этот шахтёрский городок, бывший одной из баз Сопротивления, был подвергнут массовому обстрелу «крабснарядами». Дополнительная цель данного обстрела заключалась в том, чтобы сократить снабжение агентов Сопротивления в Сити 17.
Шоссе 17
Глава 7: Шоссе 17 (англ. Highway 17, в другом переводе Дорога 17) — Гордон находит базу Сопротивления, атакуемую солдатами Альянса. После отражения атаки с Гордоном связывается Аликс и сообщает, что Илай захвачен и находится в Нова Проспект, государственной тюрьме строгого режима, прося Гордона освободить его. Повстанцы предоставляют Гордону самодельный автомобиль-багги, на котором он по берегу направляется к тюрьме. В то же время на охоту за Гордоном отправляют элитное «Сверхчеловеческое» подразделение Вооруженных Сил Альянса. Со временем разведка Альянса обнаруживает и любыми способами пытается остановить Фримена. Его план осложняет ещё и то обстоятельство, что начался сезон размножения у живущих на побережье инопланетных насекомых муравьиных львов, и сейчас они особенно агрессивны.
Песчаные ловушки
Глава 8: Песчаные ловушки (англ. Sandtraps) — Гордон прибывает к «Точке Маяка», следующей базе Сопротивления, и помогает повстанцам отбиться от первых волн атаки сил Альянса, но затем солдаты все-таки берут точку, и спасающий свою жизнь Фримен вынужден продолжить своё путешествие уже пешком и в одиночку. Муравьиные львы прячутся под землёй, и малейший шорох песка пробуждает к жизни их агрессивные рои, так что Гордону приходится пробираться довольно осторожно. После победы над мирмидонтом или стражем муравьиных львов Гордон получает фероподы — железы, наполненные феромонами, благодаря которой он теперь может управлять муравьиными львами и натравливать их на врагов. После получения возможности контролировать муравьиных львов Гордон с их помощью штурмует блокпосты перед Нова Проспект. Когда он проникает на территорию базы по старым трубам канализации, охрана вызывает два штурмовика, но Гордон успешно уничтожает их и проникает в здание тюремного комплекса.
Нова Проспект
Глава 9: Нова Проспект (англ. Nova Prospekt) — Наконец, проникнув в тюрьму, Гордон и Аликс ищут информацию о местонахождении Илая. В то время как Аликс скрытно пробирается к комплексу, где содержатся особо опасные заключённые, муравьиные львы помогают Фримену разобраться с охраной тюрьмы. В скором времени Гордон проникает в укреплённый металлическими стенами и особо охраняемый комплекс D, где содержатся особо опасные заключённые. В то же время на помощь поредевшей от атак львов охране, приходит серьёзное подкрепление.
Завихрение
Глава 9a: Завихрение (англ. Entanglement, в другом переводе Заграждение) (не редкая для Half-Life игра слов; слово entanglement обозначает также физический термин «квантовая запутанность») — Гордон встречает Аликс, после чего они находят Илая. Аликс с помощью взломанного ею компьютера отправляет капсулу с Илаем в телепортационный зал, после чего они с Гордоном начинают расчищать себе путь к телепорту. Гордон штурмует блокпосты и отбивает посланные специально против него спецотряды Альянса, в то время как Аликс перепрограммирует пулемёты, настроив их против солдат, и отключает защитные поля. После этого они находят телепортационную камеру и обнаруживают там Джудит Моссман, которая, оказывается, предательница, и уже давно работает на Альянс. Аликс приказывает ей телепортировать Илая в лабораторию доктора Кляйнера, но вместо этого Моссман удаётся переместить себя и Илая на главную базу Альянса. Внезапно в зал прорываются элитные солдаты, и Гордону с Аликс удаётся телепортироваться в лабораторию Кляйнера за мгновение до того, как солдаты уничтожают телепорт.
Нарушитель № 1
Глава 10: Нарушитель № 1 (англ. Anticitizen One, в другом переводе Главный нарушитель) — Странная неполадка в оборудовании приводит к тому, что они прибывают в лабораторию Кляйнера, совершив межвременной переход в будущее, через неделю после отправления (хотя для Гордона и Аликс эта неделя кажется долями секунды между «ещё здесь» и «уже там»). Гордон обнаруживает, что Сити 17 ввергнут в хаос и Сопротивление подняло восстание. Повстанцы, ведомые Гордоном, пытаются пробиться к Цитадели, чтобы освободить Илая Вэнса. Отряд Фримена успешно пробивают себе дорогу из окраин города и уничтожает один из генераторов, снабжающих энергией защитные системы Альянса, однако спецсилам Альянса удаётся захватить Аликс, и её увозят на транспортёре.
«За Фрименом!»
Глава 11: «За Фрименом!» (англ. «Follow Freeman!») — От командира отряда повстанцев Гордон узнаёт, что Барни ранен, и прижат снайперами на крыше, после чего вызволяет его. Гордон и Барни с повстанцами пробираются к опорной базе Альянса, именуемой «Нексус Надзора» (англ: Overwatch Nexus), чтобы отключить генераторы силового поля, блокирующего проход к Цитадели. Один из отрядов биомеханических тяжелых боевых машин Альянса — треног-страйдеров атакует силы Сопротивления, но, с посильной помощью Гордона и повстанцев-ракетчиков, их атака отбивается. Барни провожает Гордона до бреши в стене Цитадели со словами: «Если увидишь председателя Брина — передай ему, чтоб он шёл на хрeн!» (англ. «If you will see Dr.Breen, tell him: Fuck you!») .
Наши Покровители
Глава 12: Наши Покровители (англ. Our Benefactors) — Гордон пробирается в Цитадель под землёй через канализационные каналы. Он попадает в тупик, и ему приходится путешествовать дальше в транспортировочной ячейке, движущейся куда-то в лабиринтах базы. Система безопасности замечает Гордона, и помещает его в конфискационное поле, уничтожающее всё его оружие, кроме гравитатора. Гравитатор система не определяет и при попытке уничтожения, наоборот, усиливает его свойства и добавляет новое — способность манипулировать органической материей, оранжевое излучение становится синим. Вооружённый лишь гравитатором, Гордон расчищает свой путь на верхние уровни Цитадели, пока снова не попадает в тупик (все выходы закрываются силовым полем) и не сталкивается вторично с необходимостью путешествовать в контейнере.
Тёмная энергия
Глава 13: Тёмная энергия (англ. Dark Energy), в другом переводе Перегрузка Тёмной Энергии) — капсула с Гордоном поднимается на верхние этажи Цитадели, затем останавливается и в помещении включаются силовые поля, конфискующие оружие; под воздействием полей манипулятор энергетического поля медленно проплывает в воздухе и его забирает модифицированный солдат, одна из людей-агентов Альянса. Джудит Моссман встречает Гордона и сопровождает контейнер с ним в кабинет председателя Брина, где Гордон наконец сталкивается с ним лицом к лицу. Брин пытается убедить Илая, заключённого в металлический контейнер, перейти на сторону Альянса, но, когда лидер Сопротивления отказывается, Брин вызывает Аликс, также заключённую в металлическую капсулу. Когда Брин понимает, что даже под страхом причинения вреда Аликс ему не удасться переубедить Илая, он говорит, что тот ему больше не нужен, и начинает угрожать Гордону. Но когда он принимает решение отправить Илая и Аликс через телепорт в миры, где по его мнению невозможно выжить, Джудит, лелеявшая надежду спасти Илая, встаёт на сторону Гордона и освобождает его из контейнера. Брин хватает гравипушку и выпускает энергетический разряд в сторону противников, после чего ему удаётся сбежать к огромному телепорту на вершине Цитадели, который сможет перенести его в столичный мир Альянса. Моссман и Илай остаются в кабинете Брина, собираясь покинуть Цитадель в его персональной транспортной капсуле, а Гордон с Аликс бросаются в погоню. Девушка пытается остановить перемещение с помощью компьютера, но ей это не удаётся, поскольку Брин заблокировал управление телепортом, и Гордону приходится отправляться вслед за Уоллесом. К своему несчастью, Брин оставляет в зале управления реактором манипулятор, с помощью которого Гордон прорывается к телепорту, и уничтожает его. Подъёмник с Брином падает с большой высоты. В этот момент происходит масштабный взрыв, но тут время замирает и перед Гордоном появляется G-Man, сообщающий, что получил несколько интересных предложений на счёт Гордона. Затем G-Man прощается и уходит в светлый проём, сообщив ему, что позовет Гордона, когда его время придёт вновь…

Примечания к повествованию
Сохранены две основные черты оригинального Half-Life: Фримен сохраняет молчание всю игру и игрок не покидает его глаз (при этом, один из встречаемых вортигонтов говорит: «Другие глаза проглядывают в твоих»). Некоторые игроки жаловались на эти ограничения, ведь из-за них можно узнать лишь часть предыстории, и нельзя увидеть, что происходит в отсутствие Фримена или за его спиной. К тому же, создаётся ощущение, что даже сам Фримен знает больше, чем игрок. Хотя способ подачи сюжета, выбранный Valve, оригинален и хорошо способствует созданию атмосферы и вживанию в игру, многим хотелось бы узнать о сюжете больше, чем просто отдельные куски и огрызки информации, попадающиеся на глаза игроку.

Вдобавок к этим неясностям, легко заметить, что коллеги Гордона по «Чёрной Мезе» сильно постарели, а Аликс, запечатлённая на фотографии из «Чёрной Мезы» маленькой девочкой, успела вырасти. Гордон же, как выразился Илай Вэнс, «хорошо сохранился» — никаких признаков старения главного героя мы не замечаем. В игре нет чётких фактов относительно времени, прошедшего между двумя частями игры, однако можно примерно подсчитать, что оно составляет около 20 лет. Причиной этому является то, что Гордон был телепортирован G-Man’ом в стазис (измерение, далекое от времени и пространства), и это подтверждается странным «поездом между измерениями», в котором Фримен оказывается в финале обеих игр. Поэтому Фримен, находясь в совершенно другом измерении, в котором не идёт время, не старел и был своего рода «законсервирован», пока G-Man некоторое время спустя не вернул его в нормальное измерение, только в другие координаты пространства (восточноевропейский город) и времени (15—20 лет после исчезновения Фримена из привычного измерения относительно земного времени).

Конец Half-Life 2 также очень напоминает оригинальную игру: после завершения трудной борьбы против практически непобедимого противника Гордона вновь выдёргивает из реальности G-Man, управляющий потрясающими воображение, но необъяснимыми силами. Игрока поздравляют с успехом, но не дают никакой информации относительно будущего в измерении Земли после уничтожения телепорта Цитадели. Судьба главных персонажей — Аликс, Илая и Джудит — остаётся неизвестна. Лишь на немногие вопросы, которые оставила первая часть, даны ответы, но появились многие другие. Также многие игроки заявили, что они ожидали больше информации о G-Man’e.

Мир Half-Life 2
Главная тема и мир Half-Life 2 напоминают Оруэлловскую антиутопию, со многими заимствованиями из многих произведений научной фантастики или постапокалиптики. Многие детали этого стиля оставлены на суд игрока:

Председатель Брин — прямая отсылка к образу Большого Брата из романа Джорджа Оруэлла «1984», он появляется на экранах телевизоров и плакатах повсюду в Сити 17.
Широкораспространённая пропаганда Альянса, вроде их «эволюционных» граффити (обезьяна — человек — модифицированный человек), которую мы видим на протяжении всей игры.
Граждане обязаны носить одинаковую униформу и в большинстве живут в условиях ниже среднего, общество под контролем жёсткой полицейской силы.
Чёткая социальная иерархия, защищаемая набором правил, требующих согласия и подчинения, где коммуникации между гражданами и солдатами Альянса строго регулируются.
Лояльность правительству достигается продолжительным насаждением враждебной природы в мире вне населённых пунктов («Безопасность здесь на высшем уровне»).
Не осталось и следа национальных и государственных знаков: кроме общего ощущения (архитектура и.т.д), что действие происходит в Восточной Европе, никаких точных данных на этот счёт нет. Город известен лишь под именем «Сити 17», аналогично «Военно-воздушной зоне 1» в «1984».
Окружающая обстановка в Half-Life 2 разнообразна, от восточноевропейского Сити 17, его пригородов и территорий за пределами города, до громадной Цитадели Альянса. Во всех населённых местах присутствует «ощущение» Восточной Европы. Предполагается, что Сити 17 основан на Софии, столице Болгарии, родном городе художественного директора Half-Life 2, Виктора Антонова. Эта гипотеза основана на схожести Сити 17 и Софии, а также на часто появляющихся славяноязычных (хотелось бы сказать, что русских, но либо в слово «цимент» на одном из домов вкралась ошибка, что наиболее вероятно, либо в виду имелся именно болгарский язык), написанных на кириллице словах на знаках и часто видных в игре граффити, слова которых тоже напоминают какой-то славянский язык. На плакатах на стенах иногда встречаются русские названия, например, «Театр имени В. С. Мейерхольда». Всё же фанаты считают, что одна из локаций, Рейвенхолм, подразумевает Воронеж на английский лад (raven — англ. ворон). При выдержанных в игре масштабах локаций это означало бы, что все действие происходит в России. Множество старых машин в игре также имеют реальные прототипы из бывшего СССР, хотя их номерные знаки не похожи на принятые в СССР и странах СНГ. В качестве локомотивов для поездов в Сити 17 используются моторные вагоны дизель-поездов ДР1 со срезанным пассажирским салоном — эти поезда производились в Латвии, ранее входившей в СССР, сейчас они распространены на территории России, Белоруссии, Украины и других странах СНГ и Балтии. Отец Григорий обладает именем, весьма характерным для Восточной Европы, а название «Сити 17» напоминает советские засекреченные города вроде «Арзамас-16». Церковь в Рейвенхолме выглядит как православная.

На автозаправочных станциях, встречающихся в игре, на бензоколонках можно заметить название валюты, в которой ведётся расчёт — «kron», поэтому, учитывая вышеизложенные факты, можно предположить, что действие разворачивается в Эстонии (это единственная из стран, в которой к концу XX века в обращении были кроны, и притом имеющая выход к морю).

Во втором дополнении Half-Life 2 Episode Two встречается шахта с под названием «Шахта Победы имени 50-летия» (вероятно имеется ввиду победа СССР над фашистской Германией во Второй мировой войне), в которой встречается Красная Звезда и другие атрибуты советской символики, что позволяет предположить то, что события серии разворачиваются на европейской территории СНГ.

Сами разработчики в книге Half-Life 2: Raising the Bar, повествующей о процессе создания игры, утверждают, что Сити 17 не имел единого прототипа, а был создан после изучения архитектуры многих восточноевропейских городов (например, внутренний вид больницы был создан на основе фотографий больницы в Чернобыле).

Автомобили
Советские:

Москвич-2140
Волга ГАЗ-2401
РАФ-2203
ГАЗ-53
ЗАЗ-968
Иномарки:

Trabant 601S
Skoda-LIAZ 706
AVIA 31A
VW Golf II
Поезда
Советские:

ДР1, ДР1П, ДР1А
ТЭМ2